Un tupido bosque existía hace varias centurias atrás en  la zona donde se  localiza el Castillo de la Punta en La Habana. La existencia de ese bosque impedía el paso de un lugar a otro de la villa de San Cristóbal de La Habana. Desde el 10 de octubre de 1550 el cabildo habanero procedió a  desmontar el camino que salía de la fortaleza que ya se había construido en la Plaza de Armas, el Castillo de la Real Fuerza.  De acuerdo a lo expuesto por el doctor Emilio Roig de Leuchsenring a la Punta se le comenzó a dar importancia desde el punto de vista militar, sobre todo tras el ataque y toma de La Habana por el pirata francés Jacques de Sores el 10 de julio de 1555. 

El 8 de octubre de 1556 se acordó por parte del Cabildo habanero establecer vigías en La Punta. Esto se hizo para prevenir la presencia de enemigos. Varios años después, en 1559, se volvió a reiterar el asunto de los vigías en esta zona de La Habana. Detalló Roig que en 1582 había en La Punta algunas trincheras y en ese mismo año se analizó la necesidad de construir en este sitio un torreón para la guardia y seguridad del puerto.  El Castillo de La Punta comenzó a edificarse varios años después, en 1590, por el ingeniero militar  Giovanni Baptiste Antonelli.

Su primer alcalde fue el capitán Antonio de Guzmán en 1596. Su construcción, finalizada en 1630, reforzó las defensas de La Habana. Hasta 1762 La Punta no sufrió ataque serio alguno. En ese año durante el ataque inglés quedaron arruinados sus cortinas y baluartes. Tras recuperar los españoles La Habana se realizó la reconstrucción de esta fortaleza bajo la dirección de los ingenieros Silvestre Albarca y Agustín Cramer, quienes ampliaron las obras primitivas.

En diversas épocas la fortaleza tuvo serias modificaciones y en 1868 se le construyeron cuatro explanadas para igual número de piezas de artillería. Más allá de sus propósitos iniciales este castillo en el siglo XX tuvo otras funciones no relacionadas con valores estratégicos y se fue deteriorando.

En el 2002 concluyó una labor de remozamiento realizada por la Oficina del Historiador de la Ciudad de La Habana lo cual le devolvió el esplendor de sus orígenes y se convirtió en el Museo de San Salvador de la Punta con los valores recobrados de una edificación representativa de la Arquitectura Militar Renacentista.

En este castillo hay piezas de artillería y tarjas originales. La sala monográfica retoma la historia de la fortaleza mediante piezas encontradas en las excavaciones que precedieron a los trabajos de restauración y también se exhiben reproducciones de planos originales y fotografías de la añeja fortificación militar. Otra de las salas más significativas es la denominada del tesoro que exhibe valiosos objetos extraídos del fondo del mar, los que quedaron sumergidos entre los siglos XVI y XIX.

Las reliquias allí conservadas pertenecieron a navíos que en su tránsito del Nuevo Mundo hacia España se hundieron en el mar ante inclementes huracanes ó como consecuencia de los ataques de corsarios y piratas. Igualmente en este museo se reflejan las maquetas navales que remedan embarcaciones de los siglos XV al XIX y en una sala transitoria están los grabados y otras piezas que describen la toma de La Habana por los ingleses. El Castillo de San Salvador de La Punta puede apreciarse en la costa oeste de la entrada de la bahía de La Habana.