El Museo de Arte Sacro tiene su sede en el Convento de San Francisco de Asís y es único de su tipo en nuestro país.

Este Museo expone colecciones de pintura religiosa con obras procedentes de toda Hispanoamérica y hallazgos arqueológicos, efectuados en el propio convento a principios de la década de los 90 del siglo XX.

Además de  importantes piezas de pintura de los siglos XVII, XVIII y XIX en esta institución se muestra una colección de arte sacro contemporáneo.

Dicha colección está conformada, entre otras piezas, por las obras: Monje, de Octavio Cuellar; San Jorge y el dragón, de Ángel Manuel Ramírez y Lo simple y lo compuesto, de Arturo Montoto, entre otras.

Además también se exponen las obras La mesa del silencio, de Carlos Alberto Rodríguez, y de José Villa Soberón, esculturas del Caballero de París y de la Madre Teresa de Calcuta.

Igualmente entre las tallas en madera policromada propias del siglo XVIII que se exhiben en la basílica están: Santa Ifigenia, Santa Catalina de Siena, Nuestra Señora de las Angustias, San Francisco de Asís y Santo Domingo.

En la colección de Orfebrería se muestran objetos religiosos, utilizados en la liturgia, hechos en plata.

Entre las obras que allí se exponen se destaca el atril que perteneció al antiguo templo, decorado en relieve, la colección de florones y piezas de la escuela cubana de orfebrería que corresponden al siglo XVIII.

Otras obras son, la custodia hecha en plata dorada que perteneció al antiguo templo de San Francisco y un cordero de plata, donado a la iglesia por doña Luisa Justiniano en 1759.

En la colección Arqueológica hay restos de vasijas y recipientes cerámicos, correspondientes al período comprendido entre los siglos XVI y XIX, muchos de ellos encontrados en excavaciones arqueológicas realizadas en el convento. Ésta constituye la colección más amplia del museo.

Este monasterio fue consagrado en 1739 por el obispo franciscano Juan Lazo de la Vega y Cancino.

Su construcción se atribuye al habanero fray Juan Romero como director de obras, mientras que el mérito de la torre se otorga al arquitecto José Arcés.

En 1842 el gobierno español promulgó las leyes para aunar los bienes de las órdenes masculinas, dispersándose los valores que acumulaba el lugar religioso.

Después, el sitio fue destinado a almacén, depósito y viviendas para empleados de la aduana, así como oficinas hasta que en los años finales de la década del ochenta y principios del lustro siguiente en la pasada centuria fue objeto de una gran restauración.

Así el 4 de octubre de 1994, día de San Francisco de Asís, resurgió la Basílica Menor como templo consagrado a la música coral y de cámara y sede del Museo de Arte Sacro.