En el centro histórico urbano de la capital cubana, en La Habana Vieja, declarado por la Organización de Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura, UNESCO, Patrimonio Cultural de la Humanidad se localizan antiguos e importantes iglesias y conventos, entre ellos el identificado como San Agustín.

En el año 1588 llegaron a Cuba los primeros padres de la orden mendicante Agustina, provenientes de Nueva España, México, con el objetivo de establecerse y fundar una iglesia y un convento, hecho que ocurre en 1628 cuando la abren al culto.

La iglesia en sus primeros momentos era muy modesta y después fue ganando espacio sobre los terrenos que ocupan en el trazado actual, las calles Amargura, Cuba y Aguiar. Resultó construida una capilla, una iglesia majestuosa con amplia sacristía y un espacioso convento.

La fundación de ese convento, que aunque muy alterado arquitectónicamente aún subsiste, comenzó a gestionarse en 1608, siendo obispo fray Juan de las Cabezas, quien coadyuvó a su establecimiento.

Varios decenios más tarde, el 14 de enero de 1660, se piden limosnas para el aumento, lucimiento y adorno de su iglesia y convento, los cuales debieron quedar terminados a mediados del siglo XVII.

Al principio la edificación estaba conformada, además de la nave principal, con una colateral del lado norte correspondiendo con la torre, ambas orientadas de este a oeste.  Ya en 1880 contaba  con tres,  la principal de cincuenta y cinco varas de largo y doce y media de ancho, con la misma elevación; y las laterales de aproximadamente igual longitud y cinco y media de ancho.

A espaldas de la iglesia está la sacristía, y más allá, hacia la calle de Aguiar, la capilla de los Terceros Agustinos, precedida de un pequeño atrio.

En el exterior de la iglesia se puede apreciar algo  poco frecuente en la arquitectura colonial cubana, de ostensible influencia del arte mexicano, un  ondulado piñón, compuesto de pequeñas curvas y contracurvas.

El cuerpo superior de la torre muestra tallas menudas y profundas, así como formas ajenas al mismo, ejecutadas por algún cantero o escultor mexicano.

Hacia 1842 desaparece la orden y perdieron el control del inmueble que años más tarde, en 1844, resultó ocupado por la Tercera Orden de San Francisco de Asís, que realizó remodelaciones y nuevas ampliaciones adoptando la fisonomía que ha llegado hasta la actualidad.

La edificación se utiliza en distintas funciones en estos momentos. La  iglesia aún es ocupada por la Orden Franciscana. Una parte del otrora convento  la ocupa la Casa de la Cultura Julián del Casal del municipio La Habana Vieja.