El faro existente en el Castillo de los Tres Reyes Magos del Morro es el mayor de Las Antillas. Fue construido en 1845 en las murallas de la instalación. Cuenta con una altura de 83 pies sobre el nivel del mar.  Este castillo se localiza en la zona este de la entrada de la bahía de La Habana. Cerca del Morro se encuentra la mayor de las fortificaciones militares que existieron en Cuba en la época colonial, la Fortaleza de San Carlos de La Cabaña. 

Según las actas del Cabildo habanero, ya en 1551 las peñas sobre las que se asentó el Castillo del Morro, a la entrada de la bahía habanera, sirvieron de atalaya y estación de señales para la navegación. El 30 de abril de 1551, el cabildo habanero acordó que, a partir del primero de mayo de ese año, se pusieran velas en esa zona. Doce años después, el gobernador Diego de Mazariegos ordenó construir sobre los arrecifes una torre de cal y canto de modo que sirviera de atalaya contra los piratas, puesto que se alcanzaría ver hasta 8 leguas. Antes de la existencia del primer faro, los habaneros encendían fogatas encima de las rocas cuando esperaban la llegada de algún navío. Al principio, la luz del faro existente en la zona del Morro se alimentó con leña. En 1795, se intentó usar gas inflamable, pero esto fracasó. A partir de 1819, se empleó aceite. En 1843, se utilizó el llamado aceite de colza. En 1928, se empezó a utilizar el acetileno y, a partir de 1943, la electricidad.

Desde el 8 de diciembre de 1844, se inauguró una nueva torre que es la que se aprecia en la actualidad. Fue obra del ingeniero  francés Agustín Fresnell.