Con el decursar de su existencia llegó a ser una de las figuras más relevantes de Cuba a inicios del siglo XIX. Uno de sus discípulos, José de la Luz y Caballero, dijo que él fue el primero que nos enseñó en que pensar, al resaltar el alcance de su labor y prédica. Varela propugnó la necesaria separación de Cuba de España, la lucha por la independencia y la abolición de la esclavitud, así como la radical modernización de la enseñanza en nuestro territorio. No obstante ser sacerdote su filosofía y pedagogía fueron abiertamente anti-escolásticas. Su obra y sus publicaciones tuvieron una gran influencia en las generaciones de su época y las siguientes. Sobresalió en el ejercicio de la docencia, y acerca de su labor se ha afirmado que fue el primero que enseñó en qué pensar a los cubanos. Extirpó las últimas raíces del escolasticismo y planteó además una serie de conceptos morales de gran significación. Falleció en La Florida, Estados Unidos, el 25 de febrero de 1853.