Las salas principales del Museo de la Ciudad se encuentra  en lo que era el Palacio de los Capitanes Generales, en la Plaza de Armas de La Habana Vieja.

Dicho palacio data de la década de 1770 y fue construido en el mismo lugar donde se encontraba la iglesia original de La Habana.

Esta edificación tuvo  más de una función. Lo que comenzó siendo un espacio sagrado, con el tiempo de convirtió en uno de los sitios políticos y sociales más importantes de la Cuba colonial.

El 11 de diciembre de 1967 la administración de la ciudad decidió en sesión solemne dedicar el edificio a la sede de la Oficina del Historiador de la Ciudad. Fue entonces, cuando comenzó un arduo trabajo de restauración en este edificio. Luego se creó el Museo de la Ciudad, sitio a donde fueron trasladados numerosas colecciones artísticas de alto valor cultural e histórico.

El Museoexhibe mobiliario de época, uniformes militares, carruajes de caballos que datan del siglo XIX y una interesante exposición de fotografías que recrean los momentos más destacados en la historia de la ciudad de La Habana, tales como el hundimiento del buque de guerra de Estados Unidos en 1898.

Este sitio cuenta además con más de 40 salas de exposiciones permanentes, dedicadas a mostrar la historia de las guerras de independencia en Cuba. Otras, revelan cómo era la vida señorial en España y Europa y cómo ello incidió en la sociedad cubana de la etapa colonial.

Entre las salas de exposición permanentes que se hallan allí se destacan las siguientes: Parroquial, en recuerdo a la parroquia mayor, la primera iglesia de Cuba; la Giraldilla, en honor a la primera escultura fundida de la ciudad, así como también la sala Heráldica, una pequeña habitación dedicada a mostrar objetos y documentos que confirman la importancia que atribuía la nobleza cubana a la simbología heráldica.

Otra de las salas del museoson la habitación de los Cobres Cubanos, dedicada a mostrar la importancia de la herrería para la ciudad; la sala de Emilio Roig, en la cual se conservan piezas que pertenecían a la colección personal de esta personalidad; la Pinacoteca, donde se muestra un conjunto de obras importantes de artistas cubanos que abarca diferentes períodos; la sala de los uniformes españoles y la sala de la Cuba Heroica.

En la planta baja, en lo que fuera la antigua cuadra y caballeriza, se exhiben coches, carruajes y otros elementos de la transportación, máquinas de extinción de incendios y la maqueta de la locomotora similar a la que en 1837, por vez primera, inició viaje desde La Habana.

Hay muebles antiguos, obras de arte, porcelanas francesas y orientales, colecciones de vajillas y candelabros, de uniformes españoles y armamento español. Está el Salón Rojo y Dorado, con sus espejos de Venecia y sus colosales montaduras áureas. Fue aquí donde se velaron los restos mortales del Generalísimo Máximo Gómez.

Una sala muy representativa es la dedicada a las banderas. Allí está la primera bandera cubana enarbolada el 19 de mayo de 1850. Y por si fuera poco, hay cañones, armas y documentos.

La edificación  sede del museo cuenta con un hermoso patio central adornado con una estatua de mármol blanco de Cristóbal Colón que data de 1862.

Es  considerado además como el museo más importante de La Habana Vieja.